In 1988 promoveerde Jansen aan de Universiteit van Leiden op een proefschrift over röntgenwaarnemingen van supernovaresten, de hete en heldere overblijfselen van ontplofte sterren.
Na zijn doctoraat werkte Jansen aan de ontwikkeling van een van de röntgeninstrumenten voor ESA’s XMM-Newton ruimteobservatorium. In 1995 trad hij toe tot ESA en werd kort daarna benoemd tot Projectwetenschapper voor deze missie. Na de lancering van XMM-Newton was Jansen ook de Missiemanager van dit project.
Na de lancering van Mars Express in 2003 en Venus Express in 2005 werd Jansen ook Missiemanager voor deze projecten. Hij verliet XMM-Newton in 2006 tijdelijk om te werken als Interim Projectwetenschapper voor de Gaia-missie van ESA.
In 2013 werd Jansen Missiemanager voor de missie van Rosetta, die een komeet moest benaderen en erop landen. Hij diende hier van juni 2013 tot februari 2015, en gaf leiding in de kritieke perioden van ontwaken, benadering van de komeet, landen en de bediening van de functies na de landing.
Na zijn diensten voor Rosetta werd Jansen Missiemanager van Gaia. Medio 2017 verliet hij XMM-Newton als Missiemanager om zich volledig te richten op Gaia, ESA’s ‘Billion Star Surveyer’.